La BEI met à disposition du « Fonds BEI pour le Capital-risque », créé en décembre 1998 et géré par la Caisse des Dépôts et Consignations (CDC), une troisième et dernière tranche de 11,4 millions d'EUR (75 millions de FRF). Ainsi doté de 300 millions de FRF le « Fonds BEI » agit comme un fonds de fonds contribuant au renforcement des fonds propres de jeunes PME.
Ce fonds complète l'action du Fonds Public pour le Capital-Risque (FPCR), fonds de fonds créé par l'Etat français en 1998, doté de 600 millions de FRF et géré par la CDC. Cette procédure de soutien aux PME de haute technologie, contribuant à la création et au développement d'équipes de capital-risque, rencontre un vif succès.
L'intervention conjointe du Fonds BEI et du FPCR (partagée à hauteur d'un tiers pour le Fonds BEI et deux tiers pour le Fonds Public) renforce, par son effet de levier, l'offre privée de capitaux sur le marché du capital-risque. Les deux fonds de fonds souscrivent en effet, dans les mêmes conditions que les investisseurs privés, des parts de fonds de capital-risque, majoritairement privés, qui utilisent ces ressources au bénéfice de jeunes entreprises innovantes, sélectionnées conformément aux pratiques de marché, après analyse de leurs perspectives industrielles, commerciales et financières. Les deux fonds n'investissent donc pas directement dans des entreprises mais s'appuient sur les compétences des équipes de gestion des fonds qu'ils soutiennent.
Au 31 décembre 1999, l'action commune Fonds BEI-FPCR s'est concrétisée par des engagements d'un montant total de 625 millions de FRF, au profit de 15 Fonds Communs de Placement à Risques (FCPR) qui devraient pouvoir réunir plus de 4,5 milliards de FRF, avec l'objectif de financer principalement des entreprises françaises innovantes de moins de sept ans.
Les FCPR bénéficiaires sont des fonds nationaux (de 300 à 800 millions de FRF) ou des fonds régionaux (de 100 à 200 millions de FRF). Un certain nombre sont conduits par des équipes nouvelles.
Les FCPR financés ont investi près de 828 millions de FRF dans 130 entreprises, dont la capitalisation totale dépasse 10 milliards de FRF. Ces montants ont été investis à hauteur de 39% dans les services et le commerce électronique, 31% dans l'informatique et les logiciels, 19% dans les sciences de la vie et 11% dans l'électronique et les semi-conducteurs.
L'action de la BEI en faveur du capital-risque en Europe a été développée à la suite de la résolution du Conseil européen d'Amsterdam sur la croissance et l'emploi (1997) et confirmée par le Conseil de Cologne (1999); elle vise à soutenir les PME à fort potentiel de croissance, innovantes et du domaine des hautes technologies. En France, outre le Fonds BEI - CDC, la BEI a conclu un contrat de 15 millions d'EUR (100 millions de FRF) avec la SOFARIS (Société française de garantie des financements des PME, gestionnaire du Fonds national de garantie pour le développement technologique - FDT) qui permet de garantir des interventions en capitaux propres effectuées par des fonds de capital-risque au bénéfice de PME innovantes. La BEI a également créé le MET (Mécanisme européen pour les technologies) doté de 250 millions d'EUR et administré par le Fonds européen d'investissement (FEI). Sa mission est de soutenir des fonds de capital-risque spécialisés dans le financement en fonds propres de sociétés innovantes sur l'ensemble des États membres de l'Union européenne. A fin 1999, le MET avait engagé 86 millions d'EUR dans 19 prises de participations, dont 20 millions d'EUR pour 5 fonds en France (Auriga Ventures I, Banexi Ventures II, Galiléo II, Sofinnova Capital III, SPEF Pre IPO European Investment Fund).