Le Mécanisme de traitement des plaintes du Groupe BEI coopère avec le Médiateur européen, qui peut examiner les décisions prises par les entités du Groupe BEI. Tout membre du public a accès à une procédure à deux volets : le premier que gère le Mécanisme de traitement des plaintes de la BEI, puis le cas échéant un second qu’assure le Médiateur européen.
Cette organisation assure un degré accru d’indépendance et de redevabilité, qui rend le Mécanisme de traitement des plaintes unique parmi les mécanismes indépendants de recours des institutions financières internationales.